从2003年秋季开始，实施义务教育学制改革与基础教育课程改革，小学由五年制改为六年制，初中由四年制改为三年制，到2009年暑期学制改革过渡完成。小学从2003年秋季开始，初中、高中从2004年秋季开始，起始年级进入新课程改革，使用新课程标准实验教材。
2008年东港区有公办中小学（幼儿园）157处，其中普通高中5处，初中19处，小学109处，特殊教育学校1处，职业学校2处，镇街道成人教育中心10处，区直实验幼儿园1处（一园、二园），镇街道中心幼儿园10处；教职工5555人；在校生9.56万人。有民办幼儿园101处，民办小学3处。全区中小学配备微机5994台，装备语音室49套，校园网106个，多媒体教室805个；实施中小学图书配备工程，学校藏书室使用面积共计6000余平方米，学生阅览室和教师阅览室使用面积达9000余平方米，图书共计105万余册。从2007年春季开始实施农村义务教育经费保障机制改革，对学生实行免除杂费、免除课本费、补助生活费等；对普通高中和中等职业学校家庭经济困难学生进行资助。